反恐怖应急指挥程序是指在具体指挥过程中，有关指挥活动的顺序。各反恐怖斗争力量的各级指挥员受领任务后，应根据上级意图、本级任务、事态发展以及反恐怖力量的实际，灵活确定应急指挥程序，周密、迅速地完成各项准备工作。时间许可时，可按程序精心组织。反恐怖事件具有突发性、战机稍纵即逝的特点，在紧急情况下，则应简化程序，边准备，边行动，迅速指挥反恐怖应急行动分队到位，及时处置各种恐怖性突发事件。但无论在何种情况下，指挥员应熟悉反恐怖应急准备阶段、实施阶段和结束阶段的基本程序。反恐怖应急行动分队往往接到命令就要立即出动，不可能按部就班地按照指挥程序行动。因此，在指挥程序上，不能机械、教条，接到命令后，要善于灵活运用程序，保证行动的快速性和应急指挥的时效性。
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