经过30年的探索，扬州古城保护取得了很多成功的经验，但仍然存在不少难点和不足，包括整体意识相对滞后，古城保护中的利益矛盾难有破解之道，古城保护技术支撑不够，古城资料数据库建设尚未启动，古城保护成为全民自觉行动尚有时日等。2007年扬州牵头大运河申报世界文化遗产，以及2006年扬州被国家文物局列入申报预备清单，申遗工作成为古城和文化遗产保护的目标和方向，同样面临诸多困难。为此，要制定切实的古城保护纲领和技术规范，强调古城保护的真实性、技术性，做好古城保护与申遗工作数据库建设等。同时，要加强古城保护研究，解决现实城市建设中的深层次矛盾。
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