上海郊区在对“三农”的“反哺”过程中，还面临着不少困难和问题：农民务农仍然没有动力，农业变成“副业”；农业经营规模小，产品缺乏竞争力；农民素质普遍偏低，人才缺乏；发展农业的临时措施较多，缺少稳定的制度安排，重点农业区“吃亏”大；外来农民多，其掠夺式经营方式也较多。

既有的反哺机制存在不合理之处，并没有同农业产业的规模化、园区化、公司化，以及“三个集中”等重要政策同步推进，也没有同培育现代农业的市场主体紧密结合起来；在落实和使用“反哺”资金的具体过程中，往往有“变味”的现象，也没有同新农村建设、农业现代化等协同推进和有效链接。

对郊区“三农”的“反哺”，要着眼于长效性的机制建设。立足于有重点地推进农业现代化和新农村建设，在强化和完善政府财政“反哺”机制的同时，积极推进多方位包括社会事业性的“反哺机制”建设，着力于提高郊区现代农业的科技支撑和农副业企业的市场经营能力，并且同培育现代农业的市场主体紧密结合起来，还要建设非财力物力的“反哺机制”，构建上海现代农业的生态补偿机制。