与其他组织一样，超大规模大学组织也是一个整体的系统。超大规模大学由2所或2所以上的大学通过合并而成，是多校区大学中的一种特殊组织形式。参与合并的每一所大学都成为合并重组而成的超大规模大学的一部分，但超大规模大学组织系统与各子系统之间的关系并不是这些子系统的简单相加，不能用机械论方法进行解释。对超大规模大学进行组织分析，也应当将其作为一个“整体”进行一般系统分析，不应将其用机械的方法拆分为一个个孤立的部分如“学院”“校区”“部门”等，而应从构成超大规模大学要素的功能出发，寻找超大规模大学的构成“部分”。从这个角度而言，运用“一般系统论”从整体的视角解释超大规模大学组织规模演化是恰当的。

整体由部分构成，整体与部分之间的关系是整体哲学面临的首要问题。迄今为止，还原论和整体论争论不休，其争论焦点不是个别术语或观点之争，而是“研究纲领的全面较量”，争论的核心问题包括研究对象之争、研究路径之争。71702674有人指出，要研究“整体”就要有“整体的方法”，采用“整体的方法”，务必关注三个方面的因素，即“整体功能”及其“可能的机制”、整体中“有关部分的性质”，并认为“当把整体分成部分时，随着分法不同，部分的性质是不同的”，因此当研究过程中出现“机制分析中各环节的功能和整体有关部分的性质对应起来”的现象时，就必须重新考虑对整体进行部分划分的方法，直至实现部分的功能与整体性质的对应关系。71702675上述理论观点揭示了一个有关整体研究的规则：对整体进行部分的划分并不局限于事物的某些功能，可以从不同的功能视角划分整体的部分，但是划分的基本依据在于是否实现部分的功能与整体的性质相互对应。在对组织进行整体研究时，要关注组织系统的产生、生长等方面，关注组织这些成长环节，需要通过功能耦合、内稳态、维生结构、反馈机制、功能异化等方面的研究来实现。“试图寻找一个全面综合的模式是把问题过分简单化了，因为没有一个模式能够描绘出像大学这样的复杂组织中决策过程的复杂性。人们乐观地希望能够有一个模式来为我们总结概括这个复杂的管理世界。这个想法并不坏，除非我们要用现有的模式来遮挡视线，致使我们看不到组织的复杂性和各种重要的特征。”71702676