复杂性科学揭示了客观世界在运动过程中不可逆性与可逆性、多样性与统一性、非线性与线性、随机性与确定性、无序与有序交互共存的本质状态，由此形成的复杂性世界观，也为我们勘考现代科学自身发生、发展的历程提供了新的思维方法，即利用复杂性思维探讨科学自身演化的复杂性特征。但从社会整体层面上对科学发展进行研究，就其成果形式来看，主要属于“科技史”“科技哲学”“科学社会学”等人文学科范畴，有学者认为，人文学科考察的社会现象比自然现象更复杂，源出“自然科学”的复杂性思维未必能胜任。的确，社会运动不能还原为它所包含的物理运动、化学运动、生物运动，但它们之间又存在着相互制约的辩证关系，人们对“低级运动”的理解与他们对“高级运动”的理解也是相互促进的，正如恩格斯在《路德维希·费尔巴哈与德国古典哲学的终结》一文中所言：“随着自然科学每一个划时代的发现，唯物主义也必然要改变自己的形式。”<恩格斯曾依据自然科学的新发现对依托牛顿力学的机械自然观进行了哲学批判，这说明自然科学成果经提炼以后能融入哲学，当代哲学领域会积极地回应复杂性科学（前文绪论部分已述及）。就辩证唯物主义而言，复杂性科学通过逻辑实证进一步丰富了“联系”和“发展”的具体形式，使辩证法具有了更坚实的唯物主义基础和更广泛的解释力。当然，运用复杂性思维并非直接将复杂性科学的概念和程式套用于社会现象，那样只会重蹈“索卡尔事件”的覆辙，因此，本文专门在第二章中详细阐释了各流派复杂性科学的产生背景、研究对象、理论模型，以避免想当然地泛泛而谈，并在此基础上对复杂性的本质进行了哲学反思。从前文第一章和第二章的部分内容可知，许多研究复杂性的科学家除证明了复杂性客观而普遍的存在，也尝试运用复杂性思维去考察社会问题，但他们并没有机械地搬用自然模型去思考社会问题，而是根据研究对象的特性来建构适宜的动态解释框架，“削足适履”式地追求研究对象与理论形式的线性对应，恰是复杂性科学观所反对的。

随着圣塔菲研究所的成立，依托该所的复杂性科学家共同体开始致力于消弭传统学科壁垒。加盟该所的学者不再局限于“自然科学家”，他们探讨的复杂性问题很多也是针对社会现象的，像该所阿瑟教授研究的“路径依赖”问题，按照传统学科划分主要属于经济学领域，而阿瑟教授却一反现代经济学运用数学公式计算说明的流行方式，他用日常语言叙事对“路径依赖”进行了隐喻式阐释，“路径依赖”与科学家用数学方法阐释的“混沌”在机理上是相通的，而“混沌”又是时间上的“分形”，可见，复杂性思维不但适用于研究社会现象，而且其运用也并非只能依靠专业的科学语言。同样，本文要运用复杂性思维考察现代科学自身演化的复杂性特征，也不能刻板地套用已有术语，把简单的事物非要说成复杂的，而要通过“激活”分控于各种传统理论化叙事结构中的科学发展事件，让科学发展的“复杂性”全貌自然地呈现出来。那么，科学发展的全貌是否在各种理论化叙事结构中被圈上了相对偏狭的价值观念呢？如果不能证明这个问题的存在，本书的研究就没有立论前提，而下面关于“现代科学缘何发生”的观点分歧，正说明了该问题的存在。