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运作机制是一系列运作制度及其实际动态操作的总和，是行政体制71585073的重要组成部分。地区行署的行政运作机制包括行政决策机制、行政办公机制、行政监督机制，每种机制均由诸多具体的行政制度组成。其中行政决策中枢由专员、秘书长、行署办公室组成，行政决策与实施机制主要由专员分工负责制与蹲点制、会议制度、请示报告制度、公文制度等组成。行政监督工作由行署监察局、地区人大等完成。这些制度有的在国家层面有系统、专门的统一规定，如公文制度；有的则是地方层面（包括省级和地区）按中央的相关规定自订，如会议制度、请示报告制度。总体来说，地区行署的行政运作既有国家各种制度实施的共性，也有自身的特色。
