自1985年中共中央颁布《中共中央关于科学技术体制改革的决定》（中发〔1985〕6号）拉开改革序幕以来，我国传统公共科研院所迈入了现代化征程，先后经历差额拨款制度、科研院所分类转制、现代科研院所制度等多轮的深化改革，实现了整体布局、研发水平等方面的根本改善和提高。但这些与党的十八届三中全会提出的“推进国家创新治理体系和治理能力现代化”总目标相比仍存在较大差距，院所治理仍时常发生错位、越位、缺位等现象，能上能下、能进能出的创新资源流动需求层层受阻等，适合我国基本制度和战略需求的公共科研院所治理现代化任务仍未完成。

2014年8月18日习近平总书记在中央财经领导小组第七次会议上对深化科研院所改革问题明确提出了“要按照遵循规律、强化激励、合理分工、分类改革”的总部署。可见，党中央对公共科研院所治理问题高度重视。然而，从30多年来破解这一“困局”的改革实践来看，公共科研院所改革或误入市场化“逐利”导向，或纳入公益一类、公益二类划分就武断地加上“句号”，等等，这些教训或挫折的背后其实都指向同一个问题：对公共科研院所治理现代化的误读。什么是公共科研院所？公共科研院所现代化的本质内涵是什么？有什么特殊的制度需求？因此，只有在对这些问题进行系统梳理和精准把脉的基础上，才能构建起既快速、灵活地迎合国家战略导向又展现现代科研行业特点的公共科研院所治理体系。