合作社治理产生的根源在于其所有权与控制权的分离。合作社治理的法律基础和逻辑构架是现代委托-代理关系，即全体成员通过成员大会选举产生理事会，形成以全体社员为委托人、理事会为代理人的委托-代理关系；理事会理事选举产生理事长，形成以理事会为委托人、理事长为代理人的委托-代理关系。该问题的核心在于如何设计最优的产权制度和治理结构，既能促使理事会按照全体社员的利益行事，又能有效防止大股东成员侵占中小股东成员利益。实践中我国多数合作社存在大股东控制问题，根据实地调研，41。67%的苹果合作社存在大股东控制问题。大股东主导治理结构设置、控制理事会组成，极易导致普通成员权益被剥夺，并违反合作社经济参与的原则。Fulton（1995）和Cook（1995）认为合作社是财产权定义模糊的成员与投资者的集合，在合作社治理结构复杂的情景中，模糊的产权关系容易导致剩余索取权与决策控制权间的冲突，并诱发合作社治理困境，包括来源局限、视野问题投资组合问题以及外部性、退出壁垒及非市场配置资源问题（Jensenetal。，1979；Vitaliano，1983；Royer，1999）。可见，产权结构设计不合理容易导致合作社治理低效等问题，并表现为成员出资意愿及出资比例偏低、资本来源受限、严重的“搭便车”行为、资本稳定性低以及投资风险大。研究表明，合作社是提高农民组织化程度的基本农业组织方式，也是具有正外部效应的特殊市场主体，因而政府依法规制合作社治理结构及效果，是学术界研究的重要方面（任梅，2012）。在西方发达国家，政府扶持重点是为合作社独立、自主发展建立公共服务平台，营造良好的市场竞争环境，而不是强制性的行政干预（苑鹏，2009）。国鲁来（2006）总结其他国家农业合作组织政策的经验和教训，认为我国应该出台符合国情的农业合作社发展政策，从而降低政策援助成本，提高政策援助效率。政府需从立法、扶持瞄准机制和监管等方面推动合作社规范治理（崔宝玉等，2012），从而提高我国农业合作社治理水平。

以上分析表明，我国合作社数量扩张得非常快，但存在产权制度及治理结构设计不规范、政府规制缺乏有效性等突出问题。本章借鉴已有研究成果，以商品化和市场化程度较高的苹果合作社为案例，采用中国苹果优势区山东、山西、陕西3个主产省、11个县（市）的102家苹果合作社实地调研数据，运用描述性统计分析方法，分析苹果合作社治理结构、类型及存在的问题与成因，为优化苹果合作社治理结构提供依据。