中国（上海）自贸试验区成立三年以来，海关在参与这场国家试验的同时迎来了重要改革。在自贸区的法律地位方面，海关应当借鉴国际通行规则，确立自贸区“境内关内”的海关监管区地位，确立海关对自由区内货物（包括侵权货物问题）实施监管的充分权力。在立足周边、辐射“一带一路”的自由贸易区网络战略背景下，海关应当进一步拓展与区域物流企业合作的深度和广度，为国际性物流通道建设以及区域贸易发展提供良好环境支撑。同时，自贸区的设立对外贸监督管理部门的跨部门合作、监管制度创新提出了新的要求，海关监管制度创新应着眼于法律依据、协同创新、创新路径方面的问题，在实践中应当以国际贸易单一窗口建设为抓手，探索建立新机制，打破协调创新瓶颈。在监管制度创新的基础上，随着自贸区制度创新对制造业、文化贸易发展促进作用的显现，海关应进一步利用上海自贸试验区这一试验田，继续推广明确涉及制造业的各项措施，对制造业转型升级发挥导向作用，借鉴发达国家文化贸易发展经验，从文化产品出口贸易与文化服务贸易两方面拓宽文化贸易的发展路径。

海关全面深化改革的推进同样需要建立在对我国近年来对外贸易形势分析的基础之上。从时间上看，改革开放以来我国总体价格贸易条件呈正U形曲线变化趋势，近年来的改善趋势从行业层面看源于出口商品结构优化。从空间上看，贸易开放机制对各地经济增长的促进作用依赖于当地市场化进程，并呈现明显的门槛效应。在服务贸易方面，我国与东盟的《服务贸易协议》从总量上看并未有效促进双边服务贸易发展，在当前的海关贸易统计中针对新型服务贸易业态的统计也存在缺位现象。在电子信息产业贸易方面，我国目前处于向上发展的关键时期，但产品出口受外部冲击明显，出口广度呈现倒V形增长，亟须产业转型升级。在跨境电子商务方面，“新政”存在着试点城市发展不均衡、进口与出口受“新政”影响不显著、跨境电商税负水平显著提高等问题，需在相关法规政策、监管业务、监管流程方面创新跨境电子商务综合管理模式。法制建设同样是海关全面深化改革的应有之义。《海关全面深化改革总体方案》将构建一体化通关管理格局作为改革的主要抓手和主攻方向，改革实践应当在协同治理理论、整体性治理理论以及网络治理理论的支持下展开，提出评估指标体系，并通过优化三级事权、整合机构职能、再造通关流程改革牵引海关监管体制改革，形成集约高效、协调统一的一体化通关管理格局。同时，海关法制建设应当主动对接国际标准。针对《贸易便利化协定》的要求，海关应当理性分析存在的差距，积极推动《贸易便利化协定》实施，促进我国口岸通关综合管理体制和口岸治理能力的优化和提升。针对海关估价这一世界性难题，我国海关应加强比较法研究，汲取各国估价的先进经验和做法。针对目前已对航运企业发展造成一定阻碍的船舶吨税制度，海关应在汲取各国经验的基础上，成为一个有建设性话语权的执行者，协同税务机关，形成完善的航运税收体系，提高执法效能。