创新是引领发展的第一动力。适应和引领中国经济新常态，关键是依靠科技创新转换发展动力，使创新成果更快转化为现实生产力。建设具有全球影响力的科技创新中心，上海必须继续当好全国改革开放排头兵、创新发展先行者。基于此，《上海经济发展报告（2016）》把创新发展先行者定为主题，分总报告、科创中心篇、创新空间篇和创新经济篇四大部分，共计12个报告。

本书总报告认为，2015年我国宏观经济运行总体上呈现“有喜有忧，总体稳定，趋势向好”的基本态势。但上海也面临着艰难的挑战与瓶颈，比如严重的人口老龄化以及碎片化的创新链等。究其根源，是促进创新的各项体制机制没有理顺。为此，上海建设全球科创中心首当聚焦体制机制建设，集全市之合力，推动科技资源配置的制度变革。

科创中心篇围绕建设全球科创中心的体制机制分别从人才、法制和社会氛围营造等方面展开。本篇指出，人才是建设全球科创中心的重要资源，上海需要进一步调整行业分布、专业结构、区域分布及培养模式；同时，上海应进一步健全科技立法体系，提高科技创新政策的可实施性，健全法律责任，增强制度刚性；指出上海必须坚持以市场为主、大力促进创新主体的多元化、塑造宽容创业失败的社会心理。

创新空间篇主要聚焦上海自贸实验区建设、“一带一路”战略关系。首先，分析上海自贸试验区及溢出效应，认为自贸实验区扩区对利益、汇率、人民币国际化改革具有实质性意义；其次，比较分析上海、广东、福建和天津自贸试验区建设的总体方案、运行现状、发展目标和未来趋势；最后，指出上海是“一带一路”和长江经济带的交会点和我国江海航运的原点，是中国（上海）自由贸易试验区制度创新推广的龙头。

创新经济篇关注上海热点问题，认为上海互联网加速发展趋势明显，产业集聚和载体建设加快、互联网企业成长明显和互联网细分行业发展迅速；发现智慧照明、3D打印、移动医疗、网络视听、互联网金融、移动互联网等领域取得一定进展；认为主营业务在500万元以下、500万～5000万元和5000万元及以上不同规模的中小微企业的景气状况分别呈现好转、基本持平和略有好转的趋势。并指出，上海整体市容环境优美整洁、秩序良好，但某些地区特别是城乡接合部或城中村地区仍然肮脏混乱；上海郊区城镇化、城乡一体化发展步伐逐步加快，并且取得丰硕成果，特别是三次产业发展和融合具有鲜明的地方特色。但产业发展水平、农业农村人口转移、城乡基础设施建设等仍面临不少问题。